Дошедший до нас памятник самого конца XIII века — церковь Николы на Липне, выстроенная архиепископом Климентом в 1292 году, свидетельствует о том, что попытки переосмыслить старую схему церковного здания, намеченные строителями церкви Параскевы-Пятницы и особенно церкви Рождества богородицы Перынского скита, нашли свое дальнейшее развитие в конце XIII века. Исходя из старой композиции кубической, четырехстолпной, одноглавой постройки с квадратным планом, новгородские зодчие конца XIII века окончательно отказываются от старой системы посводного (по закомарам) покрытия. Несмотря на позднейшую переделку завершающих частей здания, верх здания Николы можно было с уверенностью реконструировать, подобно верху церкви Параскевы-Пятницы и церкви Перынского скита, в виде трехлопастного покрытия, позже переделанного па восьмискатное, пощипцовое. Трехлопастное покрытие являлось отражением новой структуры сводов церкви. Фасады церкви Николы, как и фасады церкви Перынского скита, не имеющие трехчастного деления лопатками, стягиваются вверху трехлопастной декоративной аркой, по кривизне которой тянется поясок свисающих полуциркульных арочек. Отказ от трехчастного членения на фасадах придавал массе здания еще большую монолитность. Зодчие конца XIII века окончательно отказываются от боковых апсид, одновременно опуская центральную до половины высоты храма. Характерной чертой церкви Николы, как и церкви Перынского скита, является вытянутость пропорций, не встречавшаяся в новгородских памятниках второй половины XII века.
Исходя из старой традиционной композиции храма, новгородские зодчие конца XIII века стремились переосмыслить ее как в отношении конструкции, вводя новые приемы, так, особенно, в отношении общего художественного выражения. В этом переосмыслении нельзя не заметить некоторой роли романского зодчества, откуда новгородские зодчие черпали отдельные конструктивные детали и отдельные элементы композиционного решения, отнюдь не разрушавшие новгородской традиционной схемы здания в целом. Прочные экономические и культурные связи Новгорода с городами Прибалтики и севера Европы легко объясняют заимствования новгородскими зодчими отдельных элементов из опыта романских мастеров, тем более что в самом Новгороде издавна существовали две церкви — немецкая церковь Петра и «варяжская божница», выстроенные иноземными купцами на своих торговых дворах.
С другой стороны, не подлежит сомнению, что новгородское зодчество оказывало и обратное воздействие на архитектуру прибалтийских стран. Так, в ряде зданий Таллина, датируемых XV—XVI веками, мы встречаем трехлопастную обработку плоскости щипца, применявшуюся в новгородском зодчестве с XIII века. Интересна и некоторая общность приемов кирпичной орнаментации. Эти совпадения позволяют говорить об определенной культурной близости прибалтийских стран с Новгородом, а также о широком распространении новгородского влияния.
Существенной особенностью новгородского зодчества с конца XIII века является новая техника кладки. Старая система кладки из чередующихся рядов камня и плинфы на растворе извести с примесью толченого кирпича с незначительными отклонениями продержалась в Новгороде до начала XIII века. В этой технике выложены старые части церкви Параскевы-Пятницы на Торгу и здание Перынского храма. Церковь Николы на Липне в основном выстроена из волховской грубо отесанной плиты на растворе извести с песком. Кирпич новой, удлиненной формы, правда, встречается в кладке, но старой системы чередования рядов кирпича и камня здесь уже нет. В кладке столбов и сводов церкви Николы применен кирпич, имеющий форму продолговатых брусков очень крупного размера. Кладка из плиты станет характерной чертой новгородского зодчества XIV—XV веков. В этой технике выстроены не только все церкви Новгорода и его пригородов, но и все крепостные сооружения этой эпохи, как, например, древние части стен детинца, стена острога 1335 года на Торговой стороне, вскрытая раскопками, Порховский кремль 1387 года и другие постройки новгородских зодчих. Кладка из блоков различного размера грубо отесанного известняка с использованием кроме того булыги (валунов) и частично кирпича давала чрезвычайно неровную поверхность стены. Система кладки наложила своеобразный отпечаток на характер построек, в которых отсутствует геометрическая четкость линий и форм, что придает новгородскому зодчеству этой поры совсем особую скульптурную пластичность.