Год основания монастыря неизвестен, но есть сведения, что уже в XII веке он имел игумена. Располагался он в "Неревском конце, за деревянным городом на посаде".
Из документов известно, что обитель пострадала при наступлении войск Дмитрия Донского. При походе Дмитрия Донского на Новгород в 1386 году жители сами сжигают его, чтобы враг не мог в нем укрепиться. Монастырь также пострадал и во время шведской интервенции.
В дальнейшем монастырь приходит в упадок, становится третьеклассным, а в 1786 году вообще упраздняется.
Однако со временем он снова возрождается, но уже как женский, и особенно расцветает при игуменье Агнии Шишкиной - бывшей камер-фрейлине императрицы Елизаветы. С 1834 года монастырь становится вновь первоклассным.
По росписи 1615 года в монастыре было три храма.
Главным храмом монастыря являлся собор во имя Святого Духа, построенный в 1357 году. В 1877 году на месте старого, разобранного, возводится двухэтажный собор Святого духа с тремя приделами.
Церковь св.Троицы Свято-Духова монастыря построена в 1557 году при игумене Иове.
Церковь св.Троицы представляет собой высокий бесстолпный храм, увенчанный пятью глухими главами. С западной стороны к церкви примыкает большая одностолпная палата, у северо-западного угла которой располагается малая палата. В документе 1591 года упоминается Троицкий храм "с трапезой и келарской, а под трапезой и келарской хлебня да поварня пятистенная да два погреба квасных". Комплекс храма и трапезных палат расположен на подклете. Постройки обильно украшены многочисленными тонко профилированными декоративными деталями. Первоначальный облик был возвращен храму в процессе реставрации 1950-х годов (архитектор Т.В.Гладенко).
Церковь св.Троицы и трапезные палаты, памятник архитектуры середины XVI века, отражает новые московские влияния в зодчестве Новгорода.
фото Н.Барышниковой